Структура Центру сформована з урахуванням його функцій і затверджена засновником.

Структурні підрозділи Центру функціонують за окремими положеннями, які відповідають нормативним актам та чинному законодавству і затверджуються директором Центру.

Центр у своєму складі має:

За штатним розписом Центр включає 15 штатних одиниць: директора, заступника директора, завідувачів навчально-методичного, навчально-організаційного кабінетів, завідувача лабораторії аналітичного забезпечення навчального процесу, завідувача лабораторії інформаційних технологій та технічних засобів навчання, методистів вищої категорії (3), головного бухгалтера, провідного бухгалтера, завідувача канцелярією, завідувача господарством, фахівця і водія.

Безпосереднє керівництво навчальною, навчально-методичною, науковою та адміністративно-господарською діяльністю Центру здійснюють заступник директора та керівники підрозділів, що відповідають за ці напрями діяльності.

Відповідно до основних завдань Центр має такий обсяг повноважень:

Взаємодіє з Міжрегіональним управлінням Нацдержслужби України у Волинській та Рівненській областях (далі-територіальне управління) за напрямами: