Структура центру сформована з урахуванням його функцій і затверджена засновником.

Структурні підрозділи Центру функціонують за окремими положеннями, які відповідають нормативним актам та чинному законодавству і затверджуються директором Центру.

Центр у своєму складі має:

За штатним розписом Центр включає 12 штатних одиниць: директора, заступника директора, начальників навчально-методичного, навчально-організаційного відділів, які є державними службовцями, методистів вищої категорії (2), завідувача лабораторії науково-дослідницької роботи, завідувача лабораторії інформаційних технологій та технічних засобів навчання, головного бухгалтера, бухгалтера-касира, завідувача канцелярією, завідувача господарством.

Безпосереднє керівництво навчальною, навчально-методичною, науковою та адміністративно-господарською діяльністю Центру здійснюють заступник директора та керівники підрозділів, що відповідають за ці напрями діяльності.